Lago Agrio como cantón se crea mediante Decreto Ejecutivo suscrito el 20 de Junio de 1979 y  publicado  en el Registro Oficial No. 872 del 11 de julio de 1979, perteneciente a la entonces provincia de Napo.  A partir del 13 de febrero de 1989, con la creación de la provincia de Sucumbíos, Nueva Loja pasa a ser la capital provincial y Lago Agrio  su cantón más representativo.

El nombre Lago Agrio tiene su fundamento en el primer pozo petrolero, descubierto en la Amazonia por los trabajos de perforación de la compañía TEXACO. Este nombre proviene de Source Lake que significa Lago Manantial. Luego, por razón poco conocida, Source fue cambiada por Sour que significa Agrio, ya que para los trabajadores los días aquí eran muy difíciles y complicados. Es por ello que el nombre fue cambiado a LAGO AGRIO en lugar de Lago Manantial, como define su traducción. Lago Agrio responde al nombre de la estructura petrolera montada por la empresa Texaco Gulf en el nororiente del Ecuador.